Passons aux choses sérieuses ...

Tu vas d'abord créer un projet vierge. Le document une fois le projet créé ressemble à ça :

Tu peux voir que la page est composée de 3 zones.

Zone 1

C'est la zone tout à gauche. Elle correspond à l'arborescence des fichiers du projet. Elle contiendra tous les fichiers dont vous aurez besoin, notamment les figures que vous importerez. Pour importer un fichier ou une image, il suffit de cliquer sur le bouton d'import.

Zone 2 (la plus importante)

Cette zone c'est là où tu vas écrire tout ce que tu veux. Tu peux voir déjà que ça ressemble un peu à du "code". On y reviendra juste après.

Zone 3

Cette dernière zone permet de visualiser ce que tu as écris à gauche. En gros, ça convertit ton code à gauche en fichier PDF. Ici, tu vois à quoi ressemble le fichier du coup ;) En cliquant sur "Recompile" le fichier PDF est généré. Dès que tu as apporté une modification à gauche, tu recompiles pour voir le résultat. Truc cool : tu peux faire un CTRL + S pour recompiler ;)

Le code : partie centrale du LaTeX

Bien, maintenant expliquons un peu le code.


							1.  \documentclass{article} 

							2.  \usepackage[utf8]{inputenc} 

							3.  

							4.  \title{Welcome in Bioinfo} 

							5.  \author{Bobby le bioinformaticien} 

							6.  \date{October 2020} 

							7.  

							8.  \begin{document} 

							9.  

							10.  \maketitle 

							11.  

							12.  \section{Introduction} 

							13.  

							14.  \end{document}

Comme dit précédement, LaTeX est un langage de balisage. On retrouve donc la première balise à la première ligne. Cette balise (\documentclass{article}) indique le type de document que l'on souhaite produire en PDF. Ici le type (que l'on peut aussi appeler classe) est article. Or, pour les rapports demandés dans le master, le type de document désiré est report. Donc il faut que tu modifies le type du document ;).

\usepackage permet d'importer un package. C'est un peu comme quand on importe la librairie matplotlib en Python. Entre crochets [ ... ] on met les paramètres et dans les { ... } on nomme le package que l'on veut importer. Ici, on import le package inputenc en donnant comme paramètre utf8. Dit autrement, ce dit que le document utilisera le code utf8.

\title, \author, \date sont des paramètres permettant de donner des informations au document.

\begin{document} et \end{document} sont les balises, qui comme leur nom l'indique, déterminent le début et la fin du document. Tout ce qui est à l'extérieur de ces balises ne sera pas considéré dans le document.

Les documents de type report permettent de faire des documents comportant des chapitres et des sections. La classe report s'articule de cette manière :

De base le langage utilisé en l'anglais. Pour changer la langue, tu peux importer le package "babel" en utilisant le paramètre "french". Ainsi, la langue du document sera du français. A toi de jouer ;)

Bobby le bioinformaticien a besoin de ton aide !

Il avait rédigé un rapport sur son arrivée dans le master mais il l'a perdu ...

Il avait fait une capture de son sommaire ouf!

Il faut que réussisse à refaire ce sommaire. Je te laisse créer les chapitres et les sections. Ne t'occupes de la Bibliograpie, on l'importa plus tard de façon automatique.

Pour ajouter le sommaire au rapport, il faut utiliser la commande \tableofcontents avant le premier chapitre. Ainsi, le sommaire est créé automatiquement (les numéros de pages s'adaptent aussi tous seuls). Mais Bobby se souvient qu'il faut modifier cette commande car elle écrit "Table des matières" et il n'aime pas du tout. Il préfère "Sommaire". Aussi, de manière générale le sommaire n'est pas numéroté et la pagination débute qu'au premier chapitre. Du coup il faut écrire :


						\renewcommand{\contentsname}{Sommaire}    # Renomme "Table des matières" en "Sommaire"

						\tableofcontents                 # Affiche la table des matières 

						\thispagestyle{empty}              # Permet d'enlever le numéro de page du sommaire 


						\newpage                      # Débute une nouvelle page 

						\setcounter{page}{1}              # Réinitialise le compteur de page à 1 

						\chapter{Les Cours en M1}           # Déclaration du chapitre

C'est un bon début !

Bobby avait aussi pris quelques notes pendant la rédaction de son rapport. Il est noté que :

USI contient une description brève du cours
Programmation -> explication d'une fonction en Python3.
ANGLAIS : sujet de l'oral
BIOSTATS contenait la loi de gravitation de Newton
IMAJS -> Image avec un bruit gaussien
OBI contenait un paragraphe contenant une référence à un article très important!
Bordeaux - Pleins d'activités -> Liste des activités à faire à Bdx
AMBB : tableau récapitulatif du bureau de l'asso

A toi de jouer maintenant, Bobby compte sur toi !!

ANGLAIS

Voilà à quoi ressemblait le sujet :

Le texte non formaté :

Sujet de l’oral d’Anglais
Vous devrez trouver une application mobile ayant un lien avec la bioinformatique. Un diaporama sera à présenter devant les autres ́etudiants expliquant l’application choisie. Durée : 10 min. d’oral + 5 min. de questions. Un résumé devra aussi être rendu la veille de votre oral à l’adresse : oral-anglais@u-bdx.fr. Vous nommerez le fichier de cette manière : NOM_Prenom_NomDeLApplication.pdf.

À noter que le titre est écrit en gros : {\Huge blabla} permet de le faire. Cherche parmis les commande \texttt, \textbf, ... pour modifier le texte. Pour la couleur tu auras besoin d'importer le package color (\textcolor{green}{text in gren}). Autre commande utile : \underline. Tu auras remarqué que le premier paragraphe n'a pas d'indentation à la première ligne alors que le second paragraphe si. Aussi, info de Bobby : "il y avait un lien cliquable sur l'adresse mail. En cliquant dessus ça me permettait d'ouvrir le logiciel de messagerie par défaut". Tips : mailto: ; hyperref -> href

Tu auras besoin d'importer le package "color", pour utiliser la couleur : \usepackage{color}

BIOSTATS

Il faut importer des packages (\usepackage{amsmath,amsfonts,amssymb}, ici on importe 3 packages d'un coup). Pour rappel, la loi de la gravition de Newton a pour formule : . TIPS

IMAJS

Clique ICI pour télécharger l'image à insérer.


						\section{IMAJS} 

						Dans ce cours, l'utilisation du logiciel ImageJ a une grande importance. Il permet de modifer des images en améliorant la netteté ou bien au contraire ajouter du bruit (\textsc{Figure}~\ref{fig:clown}). 


						
						\begin{figure}[h] 

							\centering 

							\includegraphics[scale=0.4]{clown_Noise-gaussian_Filter_Median-1-3fois.png} 

							\caption{Image ayant subit un bruit gaussien à l'aide d'ImageJ} 

							\label{fig:clown} 

						\end{figure}

Tu auras besoin d'importer le package "graphicx". \caption{...} est la légende. \label{...} est le label que l'on donne à la figure. Il sert a faire référence à la figure. En effet, dans le paragraphe au-dessus de la figure, \ref{...} permet de mettre une référence à la figure en qeustion. De plus, quand on clique sur le numéro de la figure, cela nous conduit directement à l'emplacement de la figure. Un lien est présent dans le PDF.

Le [h] permet de fixer la figure à l'endroit où elle est dans le code. H pour "Here". Le "~" entre "\textsc{Figure}" et "\ref{fig:clown}" représente un espace insécable.

Le rendu est :

OBI

Ce paragraphe était présent :

To estimate the true substitutions number, we calculate the Hamming distance between the initial sequence and the mutate sequence created. For that, we have used the definition of the distance between two string given by R. Hamming [1]. While comparing two strings of equal length, Hamming distance is the number of positions in which the two nucleotides are different.

Pour citer des références on peut utiliser un bibliographie contenue dans un fichier externe. Heureusement Bobby avait sauvegardé celui-ci, ICI. Il faut ensuite insérer la bibliographie au document avant de pouvoir citer des références. Pour cela, le package biblatex peut être utilisé :


						\usepackage[
							backend=biber,
							style=ieee,
							citestyle=ieee
						]{biblatex}
						\addbibresource{biblio.bib}

Tu sais sûrement que plusieurs formats de citation existent. Ici, on utilise le format "IEEE". À la fin du document, il faut insérer la ligne :


						\newpage 

						\addcontentsline{toc}{chapter}{Bibliographie} # Ajoute la biblio au sommaire

						\printbibliography

Pour pouvoir citer la référence dans le texte, il suffit de faire \cite{nom_reference} où l'on veut avoir la citation. A note que le nom de la référence est sur la première ligne de la référence. Ici, on a @article{hamming_error_1950,, donc le nom de la référence est "hamming_error_1950". Tu remarqueras dans le PDF que tu peux cliquer sur le numéro de la citation. Cela t'ammènera à la référence dans la bibliographie. A noter que d'autres packages existent pour gérer la bibliographie.

Si tu vas à la fin de ton document, tu devrais voir la bibliographie comme celle-ci :

Programmation

Voici la fonction que Bobby voulais insérer dans son rapport pour cette partie :


						def hamming(seq1, seq2): 

						  """ 

						  Calculate the hamming distance between two sequences passed in arguments 

						  """ 

						  hamming_distance = 0 

						  # If sequences have not the same size, the calcul of hamming distance is impossible 

						  if len(seq1) != len(seq2): 

						    print("Error : Length of the two sequences are not the same.\n") 

						  # Convertion of the two sequence string to lists 

						  seq1_list = list(seq1) 

						  seq2_list = list(seq2) 

						  # For each nucleotides, verification of the equality between the two sequences 

						  for i in range(len(seq1)): 

						    # If no equality, put +1 to the hamming distance 

						    if seq1_list[i] != seq2_list[i]: 

						      hamming_distance += 1 

						  return hamming_distance

Le but ici est d'insérer cette fonction au document LaTeX. Pour cela des packages existent tels que listing ou minted. Nous allons utiliser le dernier. Deux possibilités existent : soit mettre le code en "dur" dans le document LaTeX, soit utiliser un fichier que le document LaTeX va lire. Pour la dernière méthode, tu peux faire comme ça :


						\subsection{Programmation} 

            			  Python le fameux serpent ! 

						  \inputminted{python}{hamming_function.py}

Ici, on importe via la commande \inputminted, le contenu du fichier "hamming_distance.py". En indiquant que c'est du Python, la mise en forme sera réalisée sur le PDF.

Tutorats LaTeX

LaTeX, qu'est-ce que c'est ?

Bon ... Un peu de concret ?

Commençons par le commencement !

Passons aux choses sérieuses ...

Zone 1

Zone 2 (la plus importante)

Zone 3

Le code : partie centrale du LaTeX

Bobby le bioinformaticien a besoin de ton aide !

Il avait rédigé un rapport sur son arrivée dans le master mais il l'a perdu ...

C'est un bon début !

A toi de jouer maintenant, Bobby compte sur toi !!

ANGLAIS

BIOSTATS

IMAJS

OBI

Programmation

Bordeaux - Pleins d'activités

L'AMBB

Super ! Tu as bien aidé Bobby !

Il ne reste plus qu'à convertir ton fichier en LaTeX.

Quelques liens qui pourront t'être utiles plus tard :

Tu es arrivé.e à la fin de ce tutorat. J'espère que ça t'a aidé.